Kääpiösnautseri on saksalainen rotu, jonka alkujuurille päästäkseen täytyy tarkastella myös sen isomman serkun, keskikokoisen snautserin syntyhistoriaa.

1400- ja 1500-luvuilla saksalaiset maanviljelijät ja kaupustelijat kulkivat pitkiä matkoja maaseudulla myymässä tuotteitaan. He tarvitsivat monipuolisen kestävän koiran, josta oli kokonsa puolesta vartioimaan omaisuutta, mutta joka mahtui kulkupelinä käytettyihin kärryihin. Kotioloissa näitä koiria käytettiin karjan ja maatilojen vahtikoirina sekä jyrsijäiden hävittäjinä. Karkea karva, parta ja kulmakarvat suojasivat rottien puremilta, ja myöhemmin koirilta alettiin typistää korvia sekä häntiä puremien välttämiseksi. Rodun alkuaikoina tämän tyyppisiä karkeakarvaisia koiria kutsuttiin karkeakarvaisiksi pinsereiksi.

Rodun kehittämisessä käytetyistä roduista on useita teorioita. Mahdollisia snautsereiden esi-isiä ovat ainakin bolognankoira, villakoira ja harmaa pystykorva (keeshond).

Kääpiösnautsereita ja snautsereita tiedetään jalostetun erillään 1880-luvulta lähtien. Yleisimmän teorian mukaan kääpiösnautseri on keskikokoisen snautsereiden ja apinapinsereiden risteytysten ja valikoivan jalostuksen tulos. Muita rodun luonnissa käytettyjä rotuja arvellaan olleen kääpiöpinseri, villakoira ja pomeranian, jopa skotlanninterrieri ja kettuterrieri.
Ensimmäinen rekisteröity kääpiösnautseri on v. 1898 syntynyt Jocco Fulda Lilliput.